黄岗山位于县境正南端,海拔2157.7米.是江西省武夷山自然保护区的主体部分，也是武夷山主峰和东南大陆高峰。动植物资源丰富,被誉为"世界生物之窗".保护区总面积4572公顷，以森林面积为主，森林覆盖率高达92.6％，兼有少量溪流、灌木、草甸及居民生活区。黄岗山属新华大厦系隆起区，主要有花岗岩、片麻岩构成。海拔1900米以上由于受到山地冰川侵蚀，地形平缓，山顶平圆，坡面宽阔；海拔1000－1500米左右的周缘地区，山势陡峻，山谷幽深。气候上属华中亚热带湿润区，又具有明显山地气候特点，是江西省日照时间少，降雨量多，湿度大的地区。山顶为亚高草甸,遍布野生黄花菜、千里光等.